Un passo indietro è necessario per vedere il Gargano con l' occhio della storia. Studi recenti e sempre più perfezionati attestano che l'uomo abitò il Gargano già in epoca remota, infatti, le prime manifestazioni di vita risalgono a 40.000 anni fa (età paleolitica).
Le testimonianze della presenza dell'uomo e dell'evoluzione nel corso dei millenni e dei secoli si è come stratificata e resa visibile ai nostri occhi grazie a testimonianze affascinanti e misteriose che ancora oggi si presentano ai nostri occhi. Visitare il Gargano con una particolare attenzione alle testimoninze lasciate dall'uomo nei secoli è come camminare in una sorta di macchina del tempo che permette di soffermarsi davanti: ai graffiti di Grotta Paglicci, alla suggestione della necropoli di Merinum nei pressi di Vieste (risalente ai primi secoli del Cristianesimo), alla spiritualità ancora oggi emanata dai Santuari della "Via Sacra Longobardorum" (S.Maria di Stignano, S.Matteo, la tomba di Padre Pio, la Grotta e il santuari di San Michele dove, con la fantasia e la suggestione, che il luogo emana è ancora possibile ascoltare le preghiere degli antichi cavalieri e dei crociati in partenza la Terra Santa), al senso di compattezza del quartiere "Junno" di Monte Sant'Angelo, alla spettacolare e austera S.Maria Maggiore di Siponto, alle torri costiere di avvistamento difesa e a tantissimi altri segni della storia.
Il promontorio rappresenta certamente l'area "appula" dove risultano più numerosi i siti e i reperti preistorici. Molti sono gli insediamenti preistorici in grotte, caverne, anfratti.
In effetti il Tavoliere non era altro che una immensa steppa, per la maggior parte lacustre e scarsamente abitata. Di contro, il Gargano, costituiva una riserva di caccia unica e insostituibile. L'uomo del Gargano, con il passare dei secoli imparò però ad allevare gli animali e si trasformò da cacciatore in pastore.
Il sito di Coppa Nevigata, vicino Manfredonia, costituisce un documento importante per capire l'evoluzione dell' uomo garganico da cacciatore a pastore. Stesso discorso vale per la già mensionata "grotta Paglicci", nei pressi di Rignano Garganico.
Nuclei e siti preistorici, inoltre sono documentati sui laghi di Lesina, Varano, e Sant'Egidio (vicino San Giovanni Rotondo) e comunque su tutto il Gargano. Da Carpino a Vieste, da Rodi Garganico a Mattinata, da Peschici a Sannicandro. La più importante testimonianza, però, la troviamo documentata da un complesso di grotte, caverne e meandri, nei pressi di Manfredonia, a "grotta Scaloria".
La "quotidianetà" dell'uomo della pietra ha nel culto dei morti, delle acque e della pioggia il suo culmine. Lo stesso senso religioso dell'esistenza si trasforma e si semplifica per divenire tutto un mondo fatto di simboli, costumanze e riti che riempiono misteriosamente la sua vita. All' uomo preistorico il Gargano non doveva apparire molto diverso da come noi oggi lo conosciamo: una lunga, misteriosa e affascinante muraglia ricoperta di boschi e affondata nel mare. Nel passaggio dell'età della pietra e quella del ferro (primo millennio avanti Cristo) avvengono sul promontorio importanti mutamenti e i "siti" vengono frequentati e umanizzati da popoli provenienti "dall'altro mare". Dall' Illiria precisamente.
E saranno i Dauni, questi nuovi abitatori, a improntare una nuova e splendida civiltà che in seguito avrà anche caratteristiche elleniche.
E il Gargano, nel gran silenzio della natura, avvolto da forze primitive e vitali, diventerà un importante centro di vita spirituale. Sul monte Dodoneo, ora Monte Sacro, sorgerà un tempio dedicato a Zeus. Anche altre divinità, altri culti e miti salirono alla "Montagna Sacra".
L'arrivo dei Romani sulla montagna (IV - III secolo avanti Cristo) coincise con l'interruzione dei rapporti con centri greci della pianura.
Nuove divinità presero posto, altre rimasero. Zeus divenne Giove ed Hestia, la dea del focolare, divenne Vesta. In maniera prepotente si impone il culto di Giano, dal volto bifronte, simbolo dell'inizio e della fine di ogni cosa, del passato e del futuro. In particolare pare che la chiesina della "Rotonda" sita a San Giovanni Rotondo non fosse altro che il tempio (trasformatosi poi, in epoca Cristiana, in chiesa dedicata a San Giovanni Battista) dedicato a Giano. In effetti il suo abside conserva ancora la forma rotonda tipica dei templi di età romana; Dalla forma circolare di questo abside la cittadina di San Giovanni ha ricevuto l'appellativo di Rotondo.