La natura geologica del Gargano, tipicamente carsica, ha causato fenomeni diffusi di erosione sia in superficie sia in profondità, dando luogo a voragini, conche, grotte. E' questa l'altra faccia del Gargano; una faccia rude e aspra.
Innumerevoli sono i fenomeni carsici sul Gargano: Primo fra tutti le doline che, senza alcuna esagerazione nel loro conteggio, si aggirano attorno alle quattromila unità.
Sulla pianura di monte Nero, dietro San Giovanni Rotondo, ce ne sono ottanta, ogni chilometro quadrato.
La più grande, con un perimetro di quasi due chilometri, e la profondità di centodieci metri è la "dolina pozzatina", al chilometro 13, sulla strada provinciale che da San Marco in Lamis va a Sannicandro Garganico.Consigliamo vivamente a chiunque di fernarsi anche solo per un attimo sull'orlo di questa enorme "tinozza" per godere un quadro naturale di una semplicità millenaria.

Grotte, pietre e roccia sono i dominatori assoluti del paesaggio, del resto, per alcuni, il toponimo di "Gargano" deriva proprio dalla voce fenicia "Gargaro".

Anche nei pressi di San Giovanni Rotondo vi è un'altra esempio carsico da primato e cioè la voragine di "Campolato", la più profonda della Puglia. Sul Gargano, da sempre, vengono gruppi speleologici da tutta Italia per far palestra e per ammirare questi fenomeni unici.
Altri fenomeni dalla bellezza unica al mondo sono le grotte di mare. Lungo la costa tra Peschici e Mattinata, è un continuo susseguirsi di capolavori naturali di architettura, scavati dall'acqua e dal vento.

Ne citiamo qui di seguito i nomi: "Pomodori", "Rossa", "Sfondata", "Campana", "Contrabbandieri" (è per così dire la grotta storica del Gargano; essa fu scoperta per prima nel 1954 da due pescatori: Francesco Sante e Michele Trimignino.) "Calda", "Smeraldo", "Del serpente", "Dei colombi", "Dei marmi", solo per citarne qualcuna. Sicuramente tutte queste grotte sono da non perdere. Nelle località balneari è semplicissimo trovare barche che organizzino una gita in queste meraviglie.